结构式搜索是化学信息快速获取的重要手段,InDraw for Excel突破性地在Excel中实现子结构搜索、精确结构式搜索、相似度计算和搜索,通过Tanimoto算法,计算出相似度数值。可适用于用Excel管理的化学试剂库存快捷实现结构式搜索(PS: 结构式数据可从英文名称迅速转化成SMILES,快速获得),也可适用于没有化合物管理系统的小团队,进行简单的化合物管理(通过精确结构式搜索,手动编写唯一编号,辅之以更多属性数值,进行简化化合物管理。推荐与鹰谷开发的InCMS结合一起使用。)
为了避免重复画结构,可以从“Structure form history”中找到历史输入的结构,直接进行再次搜索。
用上面的结构进行相似度计算,得到如下结果:
Copy as-SMILES
选中一个单元格,其中内容为Molfie或InChI,选择Copy as-SMILES,则在剪贴板中获得一个SMILES单行字符串,可以直接粘贴(ctrl v)到一个word文档或单元格中
Copy as-Molfie
选中一个单元格,其中内容为SMILES或InChI,选择Copy as-Molfie,则在剪贴板中获得一个Molfile多行文本,可以直接粘贴(ctrl v)到一个word文档或单元格中
Copy as-InChI
选中一个单元格,其中内容为Molfie或SMILES,选择Copy as-InChI,则在剪贴板中获得一个InChI单行字符串,可以直接粘贴(ctrl v)到一个word文档或单元格中
选中Excel中的一列SMILES或InChI(仅支持SMILES和InChI,如果是Molfile,可先转化为SMILES后,再进行计算);选择Computation-MF,即可批量计算出分子式
Computation-MW:计算分子量
选中Excel中的一列SMILES或InChI(仅支持SMILES和InChI,如果是Molfile,可先转化为SMILES后,再进行计算);选择Computation-MW,即可批量计算出分子量
Computation-cLogP:计算cLogP脂水分布系数
选中Excel中的一列SMILES或InChI(仅支持SMILES和InChI,如果是Molfile,可先转化为SMILES后,再进行计算);选择Computation- cLogP,即可批量计算出cLogP,对“Linpiski’s rule of five” Linpiski口服药五原则非常重视的药物化学家,将非常喜欢这个功能
Computation-tPSA:计算tPSA(拓扑极性表面积)
选中Excel中的一列SMILES或InChI(仅支持SMILES和InChI,如果是Molfile,可先转化为SMILES后,再进行计算);选择Computation-tPSA,即可批量计算出tPSA
Computation-Heavy atom:计算重原子数量
选中Excel中的一列SMILES或InChI(仅支持SMILES和InChI,如果是Molfile,可先转化为SMILES后,再进行计算);选择Computation-Heavy atom,即可批量计算出Heavy atom数量。
Computation-H Donors:计算H供体数量
选中Excel中的一列SMILES或InChI(仅支持SMILES和InChI,如果是Molfile,可先转化为SMILES后,再进行计算);选择Computation-H Donors,即可批量计算出H Donors数量
Computation-H Acceptors:计算H Acceptors(H受体)数量
选中Excel中的一列SMILES或InChI(仅支持SMILES和InChI,如果是Molfile,可先转化为SMILES后,再进行计算);选择Computation-H Acceptors,即可批量计算出H Acceptors数量
Computation-Heteroatoms:计算Heteroatoms(杂原子)数量
选中Excel中的一列SMILES或InChI(仅支持SMILES和InChI,如果是Molfile,可先转化为SMILES后,再进行计算);选择Computation- Heteroatoms,即可批量计算出Heteroatoms数量
Computation-Hydrogens:计算Hydrogens(H原子)数量
选中Excel中的一列SMILES或InChI(仅支持SMILES和InChI,如果是Molfile,可先转化为SMILES后,再进行计算);选择Computation-Hydrogens,即可批量计算出H原子数量
致谢:InDraw for Excel的计算基于知名的RDKit整合开发而成,性能获得优化提升,更多详情参考RDKit官网。