“十二五规划”明确表示，鼓励规范经营的零售连锁企业发展网上药店，希望医药电子商务企业成为推动医改的有力工具，新医改也将扶持网上卖药，将网上卖药作为医疗体系的一部分，这些都为进军电商带来了信心。
然而医药电子商务在快速发展过程中同样存在许多问题，尤其是行业的监管问题。比如药品质量难以保证、网店缺乏品牌效应等。有关专家们呼吁各电商要抓住机遇，打好服务牌，树立品牌形象。建立面向病患群的CRM管理体系，为客户创造价值。
有关专家表示：对药品电子商务的监管，一是合法性问题，二是在交易过程中特别是配送系统中的质量保证问题。国家药监局暂不允许网上售药，目的是为了尽快拿出解决实施监管保证售药渠道的规范措施，是为了打击业已存在的猖獗的假劣药品问题，是为了保障消费者用药安全。并没有对代表未来贸易方式的医药贸易电子商务加以干预和禁止。
未来的医药电子商务不仅应包括医药信息的共享和电子结算，还应包括合法的医药生产企业与生产企业（原料药、制剂）、流通企业及医院的网上交易，包括合法的医药流通企业与流通企业（批发、零售）及医院的网上交易，包括零售药店对消费者的网上销售。
医药电子商务极有可能代替传统医药经营模式，带来经营模式革命。因此，医药经济部门要积极推进医药流通体制改革，进行医药电子商务试点工作。此外，相关部门也应加强监管，促进行业健康发展。